16S/18S/ITS扩增子测序基于第二代高通量技术NGS，对16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列进行测序分析，是先进的微生物种群鉴定测序技术，能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测分析，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，目前主要是应用高通量测序技术对特定环境中特定遗传物质进行测序分析，如原核生物16S rDNA/rRNA，真核生物18S rDNA/rRNA或者rDNA-ITS,这些特定的遗传物质都包括进化保守性及进化可变区，因此通过对这些可变区的测序和比对分析，可以克服培养技术的缺点，获得不能分离培养的物种信息，从而全面精确地探究并揭示不同环境中物种的多样性。根据研究目的不同可细分为如下几个产品类型：
| 产品类型 | 研究对象 |
| 16s rDNA/rRNA, 16s测序分析 | 细菌或古菌的多样性 |
| 18s rDNA/rRNA，18s测序分析 | 真核生物的多样性 |
| ITS测序分析 | 真菌的多样性 |
| 功能基因扩增子测序分析 | 对特定基因的PCR产物进行测序 |
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