核酸检测试剂盒基本都已经加入“内标”,主要分为“外源性内标”和“内源性内标”两种,下面我们结合实验室经常遇到的“样本内标扩增异常”情况,在实际检测中,我们经常会遇到的“样本内标扩增异常”情况,如何解决曲线异常的问题?在质控满足要求时,如何正确的认识核酸检测中的内标基因?
1. 靶基因和内标均无扩增
常见原因:无法明确是否存在检验前问题,多数为检验中内标样本错加漏加、核酸加样时错加漏加;若连续多个样本存在此情况,首先考虑提取试剂、提取仪的问题。
2. 靶基因有扩增但内标无扩增
常见原因:应先明确靶基因是否同内标基因存在竞争或抑制作用,若不存在,原因同上,且该扩增孔存在污染可能。
例图1: 典型的高浓度样本抑制内标基因扩增
图1. 靶基因有扩增但内标无扩增
3. 外源性内标基因扩增明显离散
常见原因:外源性内标最大特点为均匀性好,故个别样本内标离散时多为反应体系中存在抑制物;部分连续样本内标离散时,应首先考虑提取试剂、提取仪的问题;若整板样本内标离散时,多为扩增体系配制时未充分混匀。
例图2: 该样本反应体系中存在抑制物。
图2. 单个样本内标基因离散
例图3: 由于磁珠残留、加热模块异常,造成多个连续样本内标基因离散。
图3. 多个样本内标基因离散
针对以上外源性内标曲线异常现象的应对措施:
更换试剂、耗材、仪器等条件进行复检;重新采样检测并严格按照sop操作等。
检验人员需首先明白内源性内标有扩增不代表采样成功,
原因有3点:
A. 对于混采样本,只需1个受试者采样成功,内源性内标就会有扩增;
B. 以RNase P内标为例,如不能正确采样,仅采集口腔甚至皮肤样本,同样会有内源性内标扩增;
C. 环境中可能会存在人源性样本气溶胶污染。但是,采样不成功时,内源性内标一定无扩增。
1. 靶基因和内标均无扩增
常见原因:实验室较为常见,涉及范围较广,包括检验前样本采集、保存、运送问题;检验中反应体系、提取、扩增问题以及人员操作问题等。
2. 靶基因有扩增但内标无扩增
常见原因:情况极其少见,因内源性内标基因与靶基因通常无竞争或抑制作用,所以原因同上,且该扩增孔可能存在污染或非特异性扩增。
例图4: 采样失败且靶基因非特异性扩增。
图4. 靶基因非特异性扩增且内标无扩增
3. 内源性内标基因扩增明显离散
常见原因:由于采样质量直接影响内标扩增结果,故曲线较离散属于正常情况,并不一定是人员不规范操作引起的,所以这种情况较难界定。
例图5: 若排除检验前问题,整体内标曲线相对离散,可能由于样本未充分振荡混匀或扩增体系配制时未充分振荡混匀。
图5. 内标基因离散
针对以上内源性内标曲线异常现象的应对措施:
更换试剂、耗材、仪器等条件进行复检;重新采样检测并严格按照sop操作等。
1. 曲线明显分为两簇
常见原因:
A. 可能是提取仪异常导致提取效率低,多为加热模块故障、磁珠异常或磁珠残留;
B. 可能所用的反应液放置时间过长导致扩增效率下降;
C. 可能是不同的采样管内的保存液对提取试剂的提取效率有影响。
图6. 扩增曲线分为两簇
2. 内标曲线不平滑(靶基因曲线正常)
常见原因:多为错用扩增程序,如A试剂反应体系使用了B试剂的扩增程序,可重新选择正确的荧光通道。
图7. 内标曲线不平滑
总结
不同的内标都各有利弊,实验室应根据具体的使用需求,科学看待和选择。即“有内标不一定行,但无内标一定不行”。
核酸检测过程中的每一个操作环节都有可能影响检测结果,所以实验室必须规范化管理,出现样本内标异常结果时也应细心观察、耐心分析,采样人员采样时也应规范合理,最终保证核酸检测的质量。
美格生物部分热销试剂价格
试剂盒名称 | 编码 | 容量大小 | 试剂价格 |
Magicscript 耐热逆转录酶 II | A001S | 100µl, 200U/µl | 498 |
Magicscript RNA酶抑制剂 | A002S | 100µl, 40U/µl | 320 |
Magicscript 耐热逆转录酶 III | A003S | 100µl, 200U/µl | 1580 |
Rnase H(E.coli) | A004S | 250U | 320 |
一步法RT-qPCR预混液II | A014S | 100T | 798 |
抗体修饰热启动 Taq 1.0 DNA 聚合酶(带基础 buffer) | A016S | 250U, 5U/µl | 385 |
Taq 1.0 DNA 聚合酶(带基础 buffer) | A015S | 250U, 5U/µl | 190 |
化学修饰热启动 Taq 1.0 DNA 聚合酶(带基础 buffer) | A017S | 250U, 5U/µl | 385 |
CRISPR Cas12a (Cpf1) | C001S | 70pmol/盒 | 580 |
CRISPR Cas9 | C002S | 70pmol/盒 | 489 |
CRISPR Cas12b | C006S | 100pmol/盒 | 1480 |
CRISPR Cas13a | C005S | 100pmol/盒 | 1280 |
CRISPR Cas14a | C015S | 100pmol/盒 | 1280 |
T7 Endonuclease I | C007S | 250U/盒 | 549 |
单链DNA荧光报告探针 | C009S | 50 test | 139 |
单链RNA荧光探针 | C011S | 50 test | 239 |
耐热 Rnase HII | A006S | 250U | 1299 |
2X LAMP Amplication Mix(with dye) | F001S | 50T | 1299 |
鼠尾基因型鉴定试剂盒 | A010M | 100次 | 498 |
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