真菌基因组测序是指基于高通量二代NGS或三代测序技术,获得真菌的全基因组序列后,利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释,可为研究真菌特有的生物学特征(致病机制,与宿主互作机制、代谢机制等)提供分子生物学基础;结合比较基因组分析,可为研究真菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。真菌全基因组测序已经成为真菌基因组研究不可或缺的重要工具。
真菌全基因组测序可分为真菌基因组De novo测序及真菌基因组重测序两大类,根据研究目的及需求的不同,可进一步细分为以下产品:
产品 | 测序平台 | 测序策略 | 组装指标 | 适用范围 | 项目周期 |
真菌Survey | HiSeq PE150 | 350bp文库 ≥ 100X | 无 | 估算基因组大小 评估组装难度 | 30个自然日 |
真菌框架图 | HiSeq PE150 | 350bp文库 ≥ 100X | 无 | 大量菌株 框架测序 | 45个自然日 |
真菌精细图 | PacBio RSII HiSeq PE150 | PacBio文库 ≥ 70X 350bp文库 ≥ 20X | 基因组<100 Mb CN50*≥1 Mb; 基因组≥100 Mb CN50*≥500 Kb | 少量个体 精细组装 | 75个自然日 |
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