Cas9-NLS可在sgRNA介导下，识别PAM序列NGG位点，特异性切割DNA双链。凭借其纯蛋白无干扰、低毒的安全特点，广泛用于基因编辑，可用于基因敲除和多靶点精确编辑DNA, 以Cas9核糖核蛋白RNP形式进入个体内或细胞中编辑，比如培养模式动物。

在CRISPR诊断蛋白中，Cas12a（又称Cpf1）是在sgRNA引导下与靶标DNA特定位点结合并切割的核酸内切酶。Cas12a蛋白具有较为高效的附属切割活性，能够在较少用量的环境下实现对于DNA检测的信号放大，可与RDA、LAMP、PCR等方法搭配使用。在诊断应用中，当Cas12a检测并切割特定的目标DNA序列时，其高效切割任意ssDNA序列的活性被激活，该性质使其广泛用于各种病原体的核酸检测，例如用于人乳头瘤病毒和新型冠状病毒肺炎检测。

Cas12b同样是一种依赖sgRNA介导的核酸内切酶，但其在45-65℃的中高温环境中具备更高的切割活性。Cas12b在sgRNA引导下识别并切割靶标双链DNA时，其“附属切割”活性会被激活，并高效地切割体系中的任意序列ssDNA，该性能使其逐渐流行于分子诊断领域。

Cas13a在sgRNA引导下，可以识别并切割体系中的特异单链RNA。在切割特定RNA序列后，其“附属切割”活性会被激活，可高效地切割体系中的任意序列ssRNA。通过设计两端标记荧光基因或者其他标记物的RNA探针，可实现CRISPR/Cas13对RNA模板的检测和信号放大。当cas13a与靶标RNA结合时，它通过切割RNA探针释放荧光信号，来检测靶标RNA的存在，可用于诊断黄病毒，如寨卡病毒，登革热，西尼罗病毒和黄热病。

Cas14a主要用于分子诊断。在CRISPR诊断蛋白系列中，Cas14a蛋白较小，比Cas9蛋白小两倍。Cas14a不受PAM位点限制，识别ssDNA序列的特异性更高，非常适用于SNP基因分型。

T7核酸内切酶 I，英文学名T7 Endonuclease I，可用于识别并切割不完全配对、十字形结构、交叉的以及异源双链的DNA；和缓慢切割带有切刻缺口的双链DNA。T7 核酸内切酶 I可用于基因突变、SNP、TALEN或CRISPR/Cas9形成的突变体检测，并识别错配DNA，分解四方向交叉DNA或分支DNA。

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