细菌基因组测序是指基于高通量二代NGS或三代测序技术，获得细菌的全基因组序列后，利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释，可为研究细菌特有的生物学特征（致病机制，耐药机制，与宿主互作机制、共生机制及代谢机制等）提供分子生物学基础；结合比较基因组分析，可为研究细菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。细菌全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。
细菌全基因组测序可分为细菌基因组De novo测序及细菌基因组重测序两大类，根据研究目的及需求的不同，可进一步细分为以下产品：
| 产品 | 测序平台 | 测序策略 | 组装指标 | 适用范围 | 项目周期 |
| 细菌框架图 | HiSeq PE150 | 350 bp文库 ≥ 100 X | 无 | 大规模测序 快速扫描 | 30个自然日 |
| 细菌精细图 | HiSeq PE150 | 350 bp文库 ≥100X 6 Kbp文库 ≥100X | ≤30 scaffolds | 中等规模测序 适度精细 | 45个自然日 |
| 细菌完成图 | PacBio RS II | 10 Kb SMRT 文库 ≥50 X | 1 contig 0 Gap | 少量菌株测序 精确到位 | 60个自然日 |
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