在PCR实验中出现PCR污染是一个很麻烦的事情。PCR 反应的最大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性， 但令人头痛的问题是易污染， 极其微量的污染即可造成假阳性的产生。
PCR污染原因
1、标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染， 或标本放置时， 由于密封不严溢于容器外， 或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染; 标本核酸模板在提取过程
中， 由于吸样枪污染导致标本间污染; 有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散， 导致彼此间的污染。
2、PCR试剂的污染:主要是由于在 PCR 试剂配制过程中， 由于加样枪、 容器、 双蒸水及其它溶液被 PCR 核酸模板污染.
3、PCR扩增产物污染: 这是 PCR 反应中最主要最常见的污染问题， 因为 PCR产物拷贝量大(一般为 1013 拷贝/ml) ， 远远高于 PCR 检测数个拷贝的极限， 所以极微量的PCR产物污染， 就可造成假阳就可形成假阳性。
4、气溶胶污染：还有一种容易忽视， 最可能造成 PCR 产物污染的形式是气溶胶污染; 在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶， 在操作时比较剧烈地摇动反应管， 开盖时、 吸样时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染. 据计算一个气溶胶颗粒可含 48000 拷贝， 因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题.
5、实验室中克隆质粒的污染: 在分子生物学实验室及某些用克隆质粒做阳性对照的检验室， 这个问题也比较常见。 因为克隆质粒在单位容积内含量相当高， 另外在纯化过程中
需用较多的用具及试剂， 而且在活细胞内的质粒， 由于活细胞的生长繁殖的简便性及具有很强的生命力， 其污染可能性也很大。
PCR污染与对策
防止PCR污染的方法
(一) 合理分隔实验室:将样品的处理、 配制 PCR反应液、 PCR循环扩增及 PCR产物的鉴定等步骤分区或分室进行， 特别注意样本处理及 PCR 产物的鉴定应与其它步骤严格分开。
最好能划分实验区域：
①标本处理区;
②PCR反应液制备区;
③PCR循环扩增区;
④PCR产物鉴定区。
其实验用品及吸样枪应专用， 实验前应将实验室用紫外线消毒以破坏残留的 DNA 或 RNA。
(二) 吸样枪: 吸样枪污染是一个值得注意的问题。 由于操作时不慎将样品或模板核酸吸入枪内或粘上枪头是一个严重的污染源， 因而加样或吸取模板核酸时要十分小心， 吸样要
慢， 吸样时尽量一次性完成， 忌多次抽吸， 以免交叉污染或产生气溶胶污染。
(三) 预混和分装 PCR试剂:所有的 PCR 试剂都应小量分装， 如有可能， PCR 反应液应预先配制好， 然后小量分装， -20℃保存。 以减少重复加样次数， 避免污染机会。 另外， PCR试剂， PCR反应液应与样品及 PCR 产物分开保存， 不应放于同一冰盒或同一冰箱。
(四) 防止操作人员污染， 使用一次性手套、 吸头、 小离心管应一次性使用。
(五) 设立适当的阳性对照和阴性对照， 阳性对照以能出现扩增条带的最低量的标准病原体核酸为宜， 并注意交叉污染的可能性， 每次反应都应有一管不加模板的试剂对照及相应
不含有被扩增核酸的样品作阴性对照。
(六) 减少 PCR 循环次数， 只要 PCR 产物达到检测水平就适可而止。
(七) 选择质量好的 Eppendorf 管， 以避免样本外溢及外来核酸的进入， 打开离心管前应先离心， 将管壁及管盖上的液体甩至管底部。 开管动作要轻， 以防管内液体溅出。
美格君认为一个好的实验室， 要时刻注意污染的监测， 考虑有无污染是什么原因造成的污染， 以便采取措施， 防止和消除污染。
对照试验
1. 阳性对照: 在建立 PCR 反应实验室及一般的检验单位都应设有 PCR 阳性对照， 它是 PCR反应是否成功、 产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志。 阳性对照要选择扩增度中等、 重复性好， 经各种鉴定是该产物的标本， 如以重组质粒为阳性对照，其含量宜低不宜高(100 个拷贝以下) ， 但阳性对照尤其是重组质粒及高浓度阳性标本， 其对检测或扩增样品污染的可能性很大。 因而当某一 PCR 试剂经自己使用稳定， 检验人员心中有数时， 在以后的实验中可免设阳性对照。
2. 阴性对照: 每次 PCR 实验务必做阴性对照。 它包括①标本对照:被检的标本是血清就用鉴定后的正常血清作对照; 被检的标本是组织细胞就用相应的组织细胞作对照。 ②试剂对
照:在 PCR 试剂中不加模板 DNA 或 RNA， 进行 PCR 扩增， 以监测试剂是否污染。
3. 重复性试验
4. 选择不同区域的引物进行 PCR 扩增
相关阅读